A qualidade da infra-estrutura da maioria das ilhas da Baía de Todos os Santos, especialmente as mais povoadas, sob vários aspectos encontra-se sem condições adequadas para fazer emergir toda a potencialidade turística de um dos maiores arquipélagos do Brasil.

Parte dos esgotos urbanos ainda são lançados diretamente no mar sem prévio tratamento, agravados pelos efluentes líquidos e resíduos sólidos provindos da ocupação que se desenvolveu em torno da baía.

Desde 5 de junho de 1999, através do Decreto Estadual 7.595, a baía foi considerada como APA – Área de Proteção Ambiental, abrangendo toda a extensão marítima e suas ilhas, situados nos municípios de Santo Amaro, Cachoeira, Candeias, São Francisco do Conde, Madre de Deus, Maragogipe, Simões Filho, Jaguaripe, Salinas da Margarida, Saubara, Vera Cruz, Itaparica e Salvador.

A baía, que bordeja o município de Salvador e tem sete ilhas a ele pertencentes (Frades, Bom Jesus dos Passos, Maré, Santo Antônio, Coqueiros, Língua da Baleia e Itaparica), é rica em biodiversidade. Suas ilhas apresentam vastas áreas de manguezais, recifes de coral e remanescentes de mata atlântica. Na região sudoeste, onde se localiza a sede do município de Jaguaripe, está a ilha de Carapeba, cujos manguezais são conhecidos como o “pantanal baiano”. O limite entre a ilha e o continente é um verdadeiro santuário ecológico cortado por rios e canais, onde ainda podem ser encontrados tamanduás, tatus, lobos-guará e pacas, dentre outros animais.

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